1.办公室

　　2.信访稳定办公室

　　3.人事处

　　4.财务处

　　5.规划发展处

　　6.爱国卫生运动委员会办公室

　　7.信息化工作处

　　8.政策法规处

　　9.体制改革处

　　10.医政处

　　11.中医药发展处

　　12.中医医政处

　　13.中医药科技教育处

　　14.基层卫生健康处

　　15.医疗应急处

　　16.行业作风建设办公室

　　17.科技教育处

　　18.药物政策与食品安全处

　　19.老龄健康处

　　20.妇幼健康处

　　21.职业健康处

　　22.人口监测与家庭发展处

　　23.宣传处

　　24.合作交流处

　　25.保健局

　　26.行政审批服务办公室

　　27.机关党委

　　28.离退休干部工作处